La magnetoterapia è in assoluto una delle terapie fisiche con il minor numero di controindicazioni.
Un rischio specifico è presente per i portatori di pacemaker: una macchina che produce impulsi magnetici intensi compromette e può danneggiare il funzionamento di un pacemaker, perciò è assolutamente vietato utilizzare la magnetoterapia in questa specifica situazione.
Nel caso di una patologia tumorale, la magnetoterapia è controindicata poiché accelera i processi trofici. In presenza di tale patologia è proibita qualsiasi applicazione dell'elettroterapia.
Durante la gravidanza, anche se finora non è stato realizzato nessuno studio in materia (com'è facilmente comprensibile), è necessaria molta attenzione, per cui è conveniente escludere l'uso della magnetoterapia.
Come misura di sicurezza, e tenendo presente che ogni macchina ha le sue specifiche caratteristiche in quanto a potenza e frequenza, conviene attenersi a quanto riportato nel manuale d'istruzioni di ogni singolo apparato, prestando attenzione alle sue specifiche controindicazioni, per evitare rischi inutili.
